Dalam suatu perjalanan dinas melintasi lembah sungai Nil, ia bersama rekan-rekannya disambut dengan ramah oleh orang-orang Kristen di Latopolis (Esneh). 

Penyambutan ini sangat mengesankan bagi Pakomius dan menjadi baginya saat ber-rahmat. Segera ia mengakhiri masa baktinya dalam dinas ketentaraan, ia pergi ke Khenoboskiaon, satu daerah yang dihuni oleh orang-orang Kristen. 

Disana ia mendaftarkan diri sebagai katekumen (calon permandian). Dia mengikuti pelajaran agama dan kemudian menerima Sakramen Permandian.

Ketika ia mendengar bahwa ada seorang pertapa saleh di padang gurun, ia segera ke sana untuk menjadi murid pertapa itu, Palameon-demikian nama pertapa saleh itu-menerima dia dengan senang hati dan memberinya tugas-tugas berat. 

Melihat ketahanan mental Pakomius, Palameon memperkenankan dia mengenakan pakaian pertapaan. Pada suatu hari, ketika sedang berjalan-jalan di pesisir sungai Nil, Pakomius mendengar suatu suara ajaib. 

Suara itu menyuruh dia mendirikan sebuah biara di Tabennisi, tepi sungai Nil. Ia mengikuti suruhan suara ajaib itu. Yohanes, saudara kandungnya menjadi muridnya yang pertama. 

Dalam perkembangan selanjutnya, jumlah muridnya terus bertambah. Besarnya jumlah murid ini mendorong Pakomius untuk menciptakan aturan hidup bersama sebagai pedoman hidup dalam usaha mencapai cita-citanya. 

Pakomius menjadi pembimbing mereka dengan contoh dan teladan hidupnya. Pakomius mendirikan lagi enam buah biara di Thebaid untuk menampung semua muridnya yang terus saja bertambah. 

Ia sendiri menjadi pemimpin biara di Pabua, dekat Thebes. Dalam kepemimpinannya, Pakomius dengan tegas melawan ajaran bidaah Arianisme. Ia meninggal dunia pada tahun 347.